神壇上都會有花來裝飾，除了初一十五、各個祖師聖壽日都要需要花來慶祝擺飾，而金闕宮的花都是由神職人員親力親為自己買花插花，相當講究，選的花插出來的每盆花都是富有含意，選的花更是有別於一般坊間認知拜神用的花。
插花方式千百種，金闕宮插的花都是一層比一層高，意味著我們金闕人都能步步高升；玫瑰有刺，可以刺向小人，又代表著愛；百合意味著百事和諧，圖中三朵百合代表三界平衡；向日葵代表希望，我們都能面向陽光，享受太陽的照射與熱情；菊花代表吉，萬事吉利；鳳梨花代表好運旺旺來，海芋代表吹起號角浩響三界；天堂鳥代表天上大人猶如在天堂中，如果你真心相信三界同理，也猶如身處在天堂中，金闕宮插的花都有如此美的含意也極其用心，五朵花、九朵花也代表著五龍令、九龍令，根據時節、節慶、祖師聖壽日插出的花每盆花都是富有含意，同時也兼具五行的概念，五樣花草，五種顏色都是有意義的。金闕宮對每個小細節都很講究，尤其是做神明的事，你看的沒什麼其實都是人家用心想過研究過的結果，怎樣可以把花插到最美，把事情做到最好，背後神職人員又做了多少準備跟努力，真的是很用心在做每一件事。
金闕宮一直在打破錯誤傳統舊觀念，一直在求新求變跟著時代走，台灣人拜神沒有再用玫瑰花，但金闕宮插的最多的主花就是玫瑰花，而且每次插花一定不會相同，千變萬化，也猶如金闕道一樣變化萬千，花是活的，道也是活的，不會千變一律，墨守成規，而我們人的思想也應該要靈活運用，而不是傳統古老舊思維框架住我們。
